一、服务简介

微生物菌种DNA测序鉴定是一种基于现代分子生物学技术，通过分析微生物核糖体RNA基因（rDNA）序列来精确识别其物种身份的方法。该技术不依赖于传统形态、生理、生化特征的观察，而是通过与已知数据库中的序列比对，揭示微生物的种类与数量，适用于医学、农业、环境、工业、食品等多个领域的微生物多样性研究。

1. 16S rDNA测序

适用于细菌和古细菌的鉴定，主要利用16S rRNA基因高变区的序列特征进行分类和鉴别。16S rDNA长约1540bp，其包含恒定区（反映亲缘关系）和可变区（反映物种差异），常选取V3-V4或V4-V5区进行测序。通过对16S rDNA进行PCR扩增和测序，对比数据库信息，可准确判定原核生物种类及其相对丰度，广泛应用于医学、农业和环境研究。

2. 18S rDNA测序

针对真核微生物（真菌）的鉴定手段，利用18S rRNA基因高变区进行分类识别。18S rRNA基因编码真核生物核糖体小亚基rRNA，其包含保守区和可变区，分别揭示物种间的亲缘关系与差异。常选V4或V9区测序，因其特异性好、数据库完善，能有效区分样本中的真核微生物种类和相对含量，广泛应用在水生生物、土壤生物及人体微生物研究中。

3. ITS测序

作为真菌鉴定的另一途径，利用内转录间隔区（ITS，包括ITS1和ITS2）的序列信息进行分类。ITS因其在进化过程中积累的丰富多态性，能精细区分种内、种间乃至菌株间差异，片段大小适中（ITS1/ITS2约为350bp/400bp），便于分析。ITS测序广泛应用于真菌系统发育分析及种属鉴定。

二、服务流程

1. 样本接收：接收客户提交的平板菌落、甘油菌、穿刺菌、基因组DNA、菌液等多种形式的样品。

2. DNA提取与质量评估：从样品中提取微生物基因组DNA，对其质量和浓度进行严格评估。

3. PCR扩增：针对不同类型的微生物选择相应的rDNA区域（16S rDNA、18S rDNA或ITS）进行PCR扩增。

4. 产物纯化：对PCR产物进行纯化处理，确保后续测序数据的准确性。

5. 测序与数据分析：将纯化后的PCR产物送入测序仪进行高通量测序，获取原始序列数据。对测得序列进行质量控制、拼接、编辑，形成完整的rDNA序列。

6. 序列比对与鉴定：将整理后的rDNA序列在NCBI等权威数据库中进行BLAST比对，根据与已知序列的同源性，确定微生物的分类学地位。

7. 报告出具：根据比对结果，撰写鉴定报告，明确样品中微生物的物种归属，一般情况下，相似度在99%以上视为同一物种，97%以上视为同一属，95%以上视为同一科。整个鉴定过程大约需要8-10个工作日完成。

三、送样要求

1. 平板菌落、甘油菌、穿刺菌：请提供详细的培养条件，若需特殊培养基需一并提供。确保提供的平板或斜面仅含单一纯化菌落，经过至少三次纯化。样品不纯导致的测序套峰，将按全额收取实验费。

2. 基因组DNA：要求浓度≥10ng/μl，总量≥50μl，最终定量以实验室测定结果为准。推荐革兰氏阳性菌直接提供基因组DNA。

3. 菌液：确保包装完好无泄漏，菌液浓度充足，离心后菌体质量≥0.5g。

4. 安全性：严禁提交具有致病性的样品。若菌株具有致病性，请提供经加热灭活处理的基因组DNA。

5. 联系方式：送样地址及具体流程，请联系在线客服获取详细指引。

四、服务成果

完成微生物鉴定服务后，我们将提供以下核心成果：

1. 引物设计与合成：为针对性的rDNA区域设计并合成特异性引物。

2. PCR扩增产物：包括18S rDNA/ITS的PCR扩增产物，为后续测序提供物质基础。

3. PCR产物纯化：得到纯化的PCR产物，去除杂质，提高测序质量。

4. 测序数据与序列比对分析：提供测序原始数据、经过质控、拼接、编辑后的完整rDNA序列，以及与数据库比对的详细分析报告。

5. 鉴定报告与序列文件：汇总鉴定结果，出具正式的微生物菌种鉴定报告，并附带比对成功的rDNA序列文件，供客户参考和进一步研究使用。

五、注意事项

本微生物菌种鉴定服务由郑州方觉生物科技有限公司与多家知名科研院所、企业合作推出，旨在为客户提供高效、精准的微生物鉴定解决方案。客户在使用本服务前，请确保充分理解并遵守上述各项要求，确保送样合规、信息完整，以利于我们提供准确、及时的鉴定服务。如有任何疑问或需要进一步咨询，欢迎随时与我们取得联系。